El Ministerio de Hacienda replica a tanta acusación cuestionando el tamaño de la muestra auditada porque 'no es demasiado amplio' ni afecta al control de las grandes empresas (facturación superior a los seis millones). Y alega que dada su 'limitación de medios' ve más eficaz volcarlos en el control de las declaraciones anuales, que resumen todas las autoliquidaciones periódicas, que no 'dispersarse' en vigilar estas últimas.

El Tribunal de Cuentas, por su parte, pone a la Agencia Tributaria una serie de tareas en forma de recomendaciones:

- Más control. 'Mejorar el sistema de información de las actuaciones practicadas, conservando a disposición de los órganos de control, interno y externo, los registros históricos de las más relevantes'.

- Más rigor. 'Mayor rigor en la motivación formal de las decisiones que se adoptan por pantalla y en la justificación documental o por medios electrónicos fiables de todas las actuaciones de gestión de tributos'.

- Sistemas de revisión. 'Establecer un sistema interno de revisión periódico de las actuaciones que pudieran incorporar más riesgos de errores o perjuicios para el Tesoro'.

- Notificaciones. 'Se estima necesario que la Agencia Tributaria agote las posibilidades existentes para culminar las notificaciones, teniendo en cuenta, no obstante, la importancia relativa de cada procedimiento y expediente'.

- Control de incumplimientos. 'Parece necesario que los objetivos a cumplir se adecuen a los medios disponibles. De este modo, se considera más eficiente potenciar las actuaciones dirigidas a colectivos cuidadosamente seleccionados, basándose en criterios objetivos y de eficacia.

- Mejor planificación. 'Resulta conveniente que la Agencia Tributaria mejore su actividad de planificación formal'.